Dział Naukowo-Edukacyjny prowadzi działalność popularyzatorską, służy informacją zwiedzającym indywidualnie oraz grupom zorganizowanym, utrzymuje stały kontakt z mediami oraz szkołami, informując o podejmowanych przez Muzeum Miasta Gdyni przedsięwzięciach. Dział organizuje wystawy i lekcje muzealne dla szkół wszystkich typów, prowadzi odczyty i pogadanki na uzgodnione wcześniej tematy, obejmujące historię Gdyni oraz szeroko pojętą historię Pomorza. Pracownicy działu na prośbę szkół uczestniczą w konkursach wiedzy o Gdyni. Dział organizuje warsztaty plastyczne dla dzieci. W sezonie letnim prowadzi współpracę z Miejską Informacją Turystyczną.
Dział dysponuje ponad 100 gotowych fotogramów wystawowych (możliwość wypożyczenia) dokumentujących wygląd miasta w latach 1920-1939, zniszczenia portu w 1945, zbiorem filmów dokumentalnych, kolekcją przeźroczy tematycznie dotyczących historii miasta, jest w nim prowadzona dokumentacja fotograficzna i filmowa ważniejszych wydarzeń w mieście, organizowanych przez Muzeum wystaw, a także nielicznie zachowanych na terenie miasta dawnych urządzeń i obiektów technicznych.
